Absolwentka Wiktoria Wilman: – Bioinformatyka daje nowoczesne spojrzenie na biologię

• Bioinformatyka dała dobre podstawy naukowe, na których Wiktoria Wilman może budować własne pomysły, projekty.
• „Co to jest ta bioinformatyka?" – narodziny Biokoderki.
• Wiktoria Wilman do maksimum wykorzystała czas studiów: wolontariaty DKMS, biegi dla hospicjum, udział w konwentach, wiceprzewodnicząca Komisji Wyborczej Samorządu Studenckiego, zasiadanie w Radzie Programowej kierunku bioinformatyka.
• W pracy magisterskiej Wiktoria Wilman wykorzystała machine i deep learning, który na podstawie ekspresji genów rozpoznawał stadia reka nerki.

Wiktoria Wilman bez wahania przyznaje, że zawsze kochała biologię i nie wyobrażała sobie innych studiów. Ale chciała, by studia dały jej na tę biologię nowoczesne spojrzenie. I tak trafiła na bioinformatykę na Uniwersytecie Przyrodniczym we Wrocławiu, choć nie miała pojęcia, co właściwie ją czeka. Wystarczyło jednak połączenie "bio" z "informatyką".

– Nie myślałam o tym, czy studia będą trudne. Miały być nowoczesne i dać mi wiedzę o narzędziach technologicznych, których można użyć w celu rozwijania wiedzy. Jako dziecko już zdobyłam trochę doświadczenia informatycznego, choć nie było ono na wysokim poziomie. Ale spodobalo mi się, pomyślałam, że bioinformatyka to będzie coś idealnego dla mnie – opowiada Wiktoria Wilman i od razu dodaje, że studia nauczyły ją jednej podstawowej rzeczy – tego, że studiowanie polega przede wszystkim na samodzielnym zdobywaniu wiedzy. 

Studiowanie to samodzielna praca

– Powtarzała nam to na zajęciach jedyna w swoim rodzaju prof. Kosowska. I dzisiaj mogę powtórzyć za nią, że nie tylko studiowanie to samodzielna praca, ale gdy idzie się z pewnym zasobem wiedzy w świat, to nadal trzeba dbać o jej stały rozwój. Studia z bioinformatyki dają bardzo dobre podstawy, bo uczymy się podstaw naukowych – biologii komórki, genetyki, biochemii, fizyki, ale buduje się na tych podstawach już samemu – Wiktoria Wilman w swoim opisie na portalu LinkedIn służącym do budowania sieci kontaktów zawodowych napisała o sobie: ex-starosta roku, ex-wiceprzewodnicząca Studenckiego Koła Bioinformatyków, zmotywowana do ciągłego rozwijania swoich umiejętności zawodowych. W trakcie studiów brała udział w wielu projektach i warsztatach, a niektóre z nich organizowała z ramienia Studenckiego Koła Bioinformatyków. W wolnych chwilach tworzy bezpłatne treści bioinformatyczne na swoim specjalistycznym Instagramie @biokoderka ​​oraz blogu bioinformatycznym. Posiada duże doświadczenie w pracy z danymi dotyczącymi zwierząt i roślin, brała udział w międzynarodowych i prywatnych projektach, które wymagały posługiwania się Python'em i R. Interesuje się głównie poszerzeniem swojej wiedzy w zakresie wykorzystania ML w bioinformatyce oraz rozwijaniem umiejętności analitycznych. Biegle posługuje się językiem angielskim, podstawowym językiem niemieckim i uczy się hiszpańskiego. 

 – Pomysł, żeby wystartować w wyborach na starostę roku podsunęła mi mama. Prawdę mówiąc, chodziło o komfort, bo łatwiej jest ustalić termin egzaminów czy prowadzić ustalenia z wykładowcami, jeżeli ustalenia prowadzi osoba zorganizowana. A że ja zawsze staram się być przygotowana I mieć wszystko zaplanowane... – śmieje się Wiktoria, której za to zorganizowanie po pięciu latach na zakończenie studiów dziękował cały rok. Ale już poważniej Wiktoria dodaje, że bycie starostą bardzo pomogło jej otworzyć się na ludzi, bo w gruncie rzeczy jest z natury  nieśmiała. 

Z pasji do nauki trafiła do Studenckiego Koła Naukowego Bioinformatyków – tutaj nie tylko była najpierw sekretarzem, a później wiceprzewodniczącą, ale przede wszystkim pracowała przy tworzeniu grafik na social media, organizacji wydarzeń dla studentów czy tworzeniu stoiska na dni otwarte uczelni. 

Biokoderka

– Generalnie można powiedzieć, że uczyłam się tego, co nazywa się zarządzaniem. Ale w kole dało też o sobie znać moje zaangażowanie w media społecznościowe. Jeszcze jako dzieciak zakładałam blogi na Onecie. Pisałam trzy posty i kończyłam, bo nic mnie nie wciągało. Potem przeszłam fotoblogi, blogspoty... Żaden temat nie utrzymał mojego zainteresowania na dłużej. Na Instagramie też już prowadziłam parę kont, głównie psychologicznych, bo psychologia też mnie interesuje – przyznaje Wiktoria i po chwili dodaje, że na pierwszym roku na "dzień dobry" poruszyło ją pytanie jednego z wykładowców – co to jest ta bioinformartyka? Ciężko im było odpowiedzieć. I tak zrodził się pomysł, by ludziom, którzy z bioinformatyką nie mają nic wspólnego i naprawdę nie mają pojęcia o tym, czym się zajmuje ta dziedzina wiedzy, po prostu ją objaśniać na swoim profilu społecznościowym pod nazwą biokoderka. Na Instagramie stara się przemycać naukowe treści, ale częściej pokazuje ludziom źródła, z których mogą czerpać wiedzę. Podpowiada, jak weryfikować informacje – słowem, stara się dać wędkę, a nie rybę.

 – Naukowo spełniam się w pracy. Jako bioinformatyk pracuję już 1,5 roku w firmie Natural Antibody. Pracuję głównie przy zbiorach danych, używając umiejętności programistycznych. Staram się czytać dużo artykułów naukowych, sama jestem współautorką dwóch. Jednak nowości jest tyle, że bycie na bieżąco wymaga stałej uwagi – tłumaczy Wiktoria i od razu zdradza, że Natural Antibody to firma, która wspiera przemysł farmaceutyczny w odkrywaniu przeciwciał dzięki rozwiązaniom bioinformatycznym bazującym na sztucznej inteligencji. Obecnie tworzą oni platformę, która pomoże firmom farmaceutycznym odkrywać specyficzne przeciwciała w celu przyspieszenia podejmowania decyzji badawczych, a finalnie tworzeniu nowych leków.

– Na studiach mieliśmy zajęcia z immunologii, jednak opierały się ona na podstawowych i ogólnikowych informacjach, bo nie da się przekazać wszystkiego z tak skomplikowanej dziedziny przez jeden semestr. Wiedzę z tego obszaru zdobywam więc cały czas i często żartujemy z kolegami, że nie mamy wystarczająco dużo czasu na czytanie artykułów, bo nowe cały czas wychodzą, a nasz stosik się cały czas powiększa. Z drugiej strony to jest motywujące i rozwijające, właściwie można powiedzieć, że ta wiedza sie nie kończy i moje uczenie też nie. A niesamowite jest to, że kiedy zaczęłam pracę miałam zupełnie inny poziom tej wiedzy i umiejętności niż dzisiaj, a jednak byłam w stanie znaleźć tam dla siebie miejsce i wtedy, i dzisiaj – podkreśla Wiktoria. 

Studia to nie tylko studiowanie

Nie kryje, że studia dały jej dużo kompetencji miękkich. Wolontariaty DKMS, biegi dla hospicjum, udział w konwentach (jako starosta), odpowiedzialna funkcja wiceprzewodniczącej Komisji Wyborczej Samorządu Studenckiego, zasiadanie w Radzie Wydziału, czy obecnie w Radzie Programowej kierunku bioinformatyka – wszystkie te działania, funkcje, miejsca okazują się bardzo ważne, kiedy wychodzi się z uczelni z dyplomem ukończenia studiów i zaczyna pracę. 

– Pewne schematy współpracy są bardzo podobne i na studiach łatwo jest nabrać dobrych nawyków. Dlatego warto się angażować w działania, które z pozoru wydają się nie mieć nic wspólnego z samym dyplomem. Nie tylko można zyskać odpowiednie kompetencje, ale też poznać masę wspaniałych ludzi i zacząć tworzyć swoją sieć kontaktów. Przede wszystkim warto przyjść na studia na Uniwersytecie Przyrodniczym, żeby zbudować podstawy nauki. Bioinformatyk nie pracuje w laboratorium, jednak zajęcia w laboratorium są bardzo ważne i bardzo się cieszę, że miałam okazję takie odbyć. Dzięki temu potrafię analizować wyniki i widzę – na podstawie danych – czy coś w trakcie procedur laboratoryjnych się nie powiodło. Jeśli nie znałabym tych procedur, to albo tego nie zauważyłam, albo nie umiałabym powiedzieć, gdzie jest geneza takiego błędu – przyznaje Wiktoria Wilman, która pracy zaczęła szukać już na pierwszym roku studiów magisterskich. Nauka była wtedy zdalna, a ona miała już doświadczenie łączenia pracy ze studiami, pomyślała, że zaryzykuje. Może uda się to wszystko ułożyć. 

Na rozmowie kwalifikacyjnej zapytano ją o kierunek studiów, umiejętności praktyczne, jakie dzięki nim do tamtej pory zdobyła oraz praktyki jakie miała szansę odbyć. I dostała zadanie nieprogramistyczne, związane z działaniem przeciwciał. Na podstawie opisu miała przedstawić pewien schemat i konsekwencje danych zmian. Okazało się, że to, co wymyśliła nie ma prawa bytu, ale sposób myślenia był dobry – została zatrudniona.

– W moim przypadku doświadczenie pandemii było pośrednim impulsem do szukania pracy w firmie związanej pośrednio z branżą farmaceutyczną, zresztą od znajomych zyskiwałam duże uznanie i podziw, co mnie trochę bawiło, bo moja droga kształcenia wcale się nie zmieniła – ale na pewno dostała większy rozgłos i poszanowanie. Na pewno jednak pandemia miała wpływ na rynek bioinformatyczny tak w Polsce, jak i zagranicą. Możliwość pracy zdalnej umożliwiła współpracę specjalistów z całego świata. Warto też wspomnieć, że bioinformatyka przełamuje schemat nudnych nauk biologicznych. Pokazuje, że narzędzia informatyczne mają zastosowanie w badaniach biologicznych, umożliwiają ich dokładną analizę – opowiada Wiktoria i po chwili zaczyna tłumaczyć ze śmiechem zamieszanie, jakie wywołała informacja, że wirus SARS-COV-2 ma w sobie  fragment, który jest zgodny z fragmentem wirusa HIV. 

Wszyscy jesteśmy bananami

– Tłumaczyłam znajomym, że nasze DNA i DNA banana to jest 60 procent zgodności. Jesteśmy więc bananem – przewrotnie mówi Wiktoria, po czym poważnieje: – Dzięki temu kierunkowi byłam w stanie lepiej weryfikować informacje, które do mnie docierają. Mogłam wytłumaczyć bliskim, jak działają szczepionki przeciwko SARS-COV-2, dlaczego je popieram, dlaczego się zaszczepiłam i dlaczego będę polecała szczepienia i opieranie się na faktach naukowych. Wiedza dała mi spokój w trakcie pandemii, a teraz pozwala odkrywać nowe możliwości. 

Wiktoria pytana o to, którego z wykładowców pamięta najlepiej, bez wahania wymienia prof. Kosowską – jej wykłady z genetyki to  jedyne wykłady, kiedy studenci rzucali się do pierwszych ławek! Wielkim autorytetem zarówno pod względem naukowym jak i pod względem umiejętności przekazywania wiedzy jest promotorka licencjatu prof. Magdalena Wołoszyńska, specjalistka z zakresu biologii molekularnej, specjalizująca się w badaniach na roślinie modelowej – Arabidopsis thaliana. Dzięki niej Wiktoria po raz pierwszy zrobiła pełny bioinformatyczny projekt "Bioinformatyczna analiza transkryptomu mutanta elo3-6 Arabidopsis thaliana podczas fotomorfogenezy”. 

– Magisterkę pisałam u prof. Łukasza Łaczmańskiego. Opierała się na machine learningu oraz deep learningu, a dotyczyła rozróżnienia stadiów raka nerki na podstawie ekspresji genów między stadiami oraz stanami zdrowy/chory. W uproszczeniu karmiłam model danymi pochodzącymi od pacjentów pacjentów zdrowych i chorych w różnych stadiach, a model miał za zadanie na podstawie ekspresji wywnioskować stopień zaawansowania choroby. Dzięki temu pracowałam na danych ludzkich, na czym bardzo mi zależało. A profesora wybrałam na promotora dlatego, że daje studentowi przestrzeń do samodzielnej pracy oraz możliwość tworzenia publikacji na bazie swoich badań – mówi Wiktoria, która w wolnych chwilach pracuje nad publikacją wyników pracy magisterskiej w formie artykułu naukowego pod okiem profesora Łaczmańskiego . 

Czy zdecyduje się na doktorat? Jeśli tak, to z wolnej stopy, choć kiedy szła na studia już o nim myślała. 

– Bardzo fascynuje mnie nauka, propagowanie bioinformatyki, ale nie chciałabym na tym poprzestać. Poza tym, w czasie doktoratu człowiek powinien się skupić na swoich badaniach oraz rozwijaniu nauki i technologii, a w systemie uczelnianym nie jest to do końca możliwe – podkreśla Wiktoria Wilman. 

kk

• 

  Studiuj OZE, bądź krok do przodu

  Odnawialne źródła energii są jedną z gałęzi sektora energetycznego, która obecnie najszybciej się rozwija. Nie przez przypadek – coraz więcej mówi się o konieczności ograniczenia emisji CO2 do atmosfery oraz o konsekwencjach zużycia paliw kopalnych. Studenci Mateusz Jajczyk i Marek Korendał są świadomi zmian, jakie są potrzebne w tej dziedzinie i wybierając studia na kierunku odnawialne źródła energii i gospodarka odpadami będą już o krok do przodu w branży.

• 

  Praca ze zwierzętami nie tylko po weterynarii

  Absolwent dr Damian Konkol i student Tomasz Stanisławski z Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu opowiadają o swoim doświadczeniu z zootechniką.