AZON 2.0 – UPWr udostępnia 10 tys. dokumentów o wartości naukowej

Bazę materiałów naukowych, wraz z Politechniką Wrocławską w ramach projektu AZON 2.0, tworzą Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Uniwersytet Medyczny we Wrocławiu oraz Instytut Badań Systemowych PAN w Warszawie.

Projekt zakłada digitalizację zasobów o dużej wartości dla obszaru nauki i gospodarki, w tym o charakterze publikacyjnym i multimedialnym. Wśród cyfrowego skarbca znaleźć można „[...] publikacje, skrypty, wykłady, modele 3D, nagrania audio, wideo, zdjęcia, pliki wejściowe i wyjściowe różnych programów komputerowych, bazy danych gromadzące dane z różnych dziedzin, maszyn, systemów, korpusy językowe i wiele innych”. Do cyfrowego zbioru dostęp ma każdy, w tym osoby niepełnosprawne, niewidome, niedowidzące i niesłyszące.

Planowane do udostępnienia przez Uniwersytet Przyrodniczy dane mają charakter danych źródłowych (wyniki analiz, dane pomiarowe) i obejmują dotąd niepublikowane bazy zdjęć echokardiograficznych i zapisów EKG, zdjęć mikroskopowych preparatów histopatologicznych oraz histologicznych – wymienia dr Przemysław Tymków, kierujący projektem AZON 2.0 na UPWr.

W ramach pierwszej edycji projektu AZON udostępniono ponad 40 tys. materiałów, które zostały pobrane prawie 4 mln razy. Do lipca 2022 r. udostępnionych zostanie 22 550 dokumentów.

Zasoby Uniwersytetu Przyrodniczego we Wrocławiu

Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu zdecydowanie ma co dodać do projektu, ponieważ ma udostępnić blisko 10 tys. dokumentów i obiektów do Atlasu Zasobów Otwartej Nauki. Wśród zgromadzonych materiałów znajdzie się:

• baza zdjęć echokardiograficznych i zapisów EKG wraz z opisami historii chorób serca u zwierząt z Wydziału Medycyny Weterynaryjnej,
• baza zdjęć mikroskopowych wraz z wynikami mikroanaliz rentgenowskich z Katedry Biologii Eksperymentalnej,
• baza zdjęć roślin z Europy Centralnej, w tym roślin inwazyjnych i segetalnych prezentujących cechy morfologiczne i anatomiczne gatunków opracowywana wspólnie przez Instytut Biologii Środowiskowej oraz Centrum Zasobów i Wsparcia Dydaktyki,
• baza danych meteorologicznych z wartościami refrakcyjności dla obszaru Polski opracowana przez Instytutu Geodezji i Geoinformatyki.

W internecie można znaleźć mnóstwo zdjęć, jednak bez metadanych oraz odpowiedniego opisu ich wartość naukowa i dydaktyczna jest często niewielka. Odbiorca może nie posiadać odpowiedniej wiedzy, aby móc rozróżnić poszczególne elementy. Ponadto za zdjęcia dobrej jakości trzeba zapłacić, a dzięki projektowi AZON 2.0 dostęp do materiałów będzie darmowy i na otwartej licencji. 

Przykładem interesujących zdjęć z ogromnego zbioru udostępnionego przez UPWr są zdjęcia wykonane pod mikroskopem. Pierwsza część zdjęć, dostępnych poniżej, przedstawia kryształy kwasu cytrynowego i cukru, które cieszą oko pięknymi tęczowymi barwami, a pozostałe zdjęcia są zbiorem różnych fotografii mikroskopowych, takich jak na przykład zdjęcia nasienia borówki czy pióra gołębia.

– Wykonywane przez nas zdjęcia mają przede wszystkim walor edukacyjny, główną grupą docelową będa studenci, uczniowie liceum, a także hobbyści, generalnie każda osoba interesująca się roślinami. Przy realizacji naszego projektu skupiliśmy się na zdjęciach mikro- i makroskopowych, gdzie obok cech morfologicznych będziemy pokazywać anatomię wybranych gatunków – opowiada Paweł Jarzembowski, odpowiedzialny za wykonanie zdjęć mikroskopowych.

Do wykonywania zdjęć całych roślin (pokrojów) oraz organów (np. liście, kwiaty) korzysta się z lustrzanki cyfrowej i wymiennej optyki. Zdjęcia drobnych struktur (np. nasion, pręcików, tkanek) robione są za pomocą mikroskopu stereoskopowego z komorą bezcieniową (obserwacja w świetle odbitym) oraz mikroskopu biologicznego. Do obrazowania obiektów o niskim kontraście (np. do glonów) korzysta się z techniki ciemnego pola kontrastu fazy i epifluorescencji. Szczególnie ta ostatnia technika pozwala na uzyskanie efektownych obrazów o nietypowych kolorach dzięki wykorzystaniu autofluorescencji tkanek (drewno świeci na biało, chlorofil na czerwono, a szkielet owadów na niebiesko). W niektórych przypadkach obiekty przed wykonaniem zdjęcia podbarwia się np. safraniną lub berberyną, by podkreślić wybrane struktury. 

 – Nasze zdjęcia będą opatrzone metadanymi oraz skalą, dzięki czemu użytkownik będzie wiedział, co ogląda oraz jaką wielkość ma dany obiekt. Aby odbiorca otrzymał zdjęcia w wysokiej jakości wykonujemy kilkanaście zdjęć z różną głębią ostrości, a następnie składamy dziesiątki obrazów w jeden ostry obraz (kompensacja głębi ostrości). Ponadto przy dużych preparatach mikroskopowych tworzymy tzw. panoramę, czyli kompozycję wielu obrazów o dużym powiększeniu, ale o małym polu widoczności. Wynikiem tego jest jedno zdjęcie, które umożliwia duże przybliżanie, bez straty jakości – dodaje Paweł Jarzembowski.

Autorami zdjęć są Adrian Kulik oraz Paweł Jarzembowski, pracujący w Centrum Zasobów i Wsparcia Dydaktyki.

is